Pierwsza historyczna wzmianka o Licheniu pojawiła się w roku 1151. Wówczas Piotr Dunin postawił granitowy krzyż pomiędzy Grąblinem a Licheniem, znacząc szlak z Kalisza do Kruszwicy. Historyczny krzyż zachował się do dziś i obecnie stoi w kapliczce na rynku w Licheniu.
Kamień węgielny pod nową świątynię, która jest obecnie symbolem Lichenia i bazyliką mniejszą, wmurował Prymas Józef Glemp w 1995 roku. Rok później nastąpiło poświęcenie kaplicy Trójcy Świętej – pierwszej kaplicy w nowej świątyni. Rozkwit sanktuarium przeżywa od 1998 roku, gdy powstaje Centrum Formacji Maryjnej, które organizuje rekolekcje maryjne, wydaje dwumiesięcznik ,,Zeszyty Maryjne” oraz modlitewniki i kwartalnik mariologiczny „Salvatoris Mater”.
W 1999 roku do Matki Bożej Licheńskiej pielgrzymuje papież Jan Paweł II i błogosławi powstającą świątynię. W tym samym roku w dzwonnicy bazyliki zostaje umieszczony największy w Polsce dzwon o imieniu Maryja Bogurodzica. Pierwszą mszą w nawie głównej bazyliki jest pasterka w roku 2000. Pięć lat później otrzymuje tytuł bazyliki mniejszej.
