Drugim obiektem sakralnym, związanym z losami polskiego Papieża, jest, leżący przy al. Matki Bożej Fatimskiej, kościół św. Piotra Apostoła, zbudowany jako wotum wdzięczności za wybór Polaka na Stolicę Piotrową i za ocalenie Karola Wojtyły po zamachu dokonanym 13.05.1981 roku.

Architektura kościoła nawiązuje do Bazyliki Św. Piotra. Wykonany z czerwonego marmuru ołtarz ma kształt poziomego rzutu tejże bazyliki. Materiał ten posłużył także do wyłożenia, biegnących od ołtarza dwóch czerwonych pasów, symbolizujących strużki krwi Jana Pawła II i tworzących zarys Placu św. Piotra w Watykanie. Po dwóch stronach prezbiterium znajdują się boczne ołtarze: Miłosierdzia Bożego i Matki Boskiej Fatimskiej. Obok kościoła stoi kaplica oraz strzelista dzwonnica, wyposażona w trzy dzwony – dar miasta.

Przed fasadą umieszczono pomnik Papieża, dzieło włoskiego artysty Luciano Minguzziego. Z tyłu, za budynkiem, wykorzystując naturalne pochyłe ukształtowanie terenu utworzono drogę krzyżową, nazywaną czasem „wadowicką Golgotą”.